Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan UIN Maulana Malik Ibrahim Malang memiliki laboratorium kedokteran dasar dan laboratorium keahlian klinis. Lab kedokteran dasar merupakan laboratorium yang digunakan untuk mempelaari ilmu-ilmu kedokteran dasar yang terdiri dari :

• HISTOLOGI
• ANATOMI
• FISIOLOGI
• BIOKIMIA
• BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER
• FARMAKOLOGI
• PATOLOGI KLINIK
• PATOLOGI ANATOMI

Sedangkan laboratorium keahlian klinis merupakan laboratorium yang digunakan untuk mempelajari dan mempraktekkan keahlian klinis yang harus dimiliki oleh seorang dokter. Terdapat 7 ruangan lab keterampilan klinis yang dilengkapi dengan alat-alat pembelajaran sesuai dengan standard OSCE Nasional.