UIN Maulana Malik Ibrahim Malang mempunyai cita-cita besar menjadi perguruan tinggi yang tidak saja mampu melahirkan sosok ulama besar seperti Al-Farabi, Al-Ghazali, Ibnu Khaldun, Ibnu Rusyd, tetapi juga sosok seperti seperti Ibnu Sina dan Ibnu Majah. Cita-cita besar pendirian Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan ini telah tergambar pada Pohon Ilmu UIN Maulana Malik Ibrahim Malang yang dicetuskan oleh para pendiri UIN Maulana Malik Ibrahim Malang.

Proses pendirian program studi pendidikan dokter Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Maulana Malik Ibrahim Malang ditempuh dengan jalan yang panjang dan berliku. Setidaknya dibutuhkan waktu hingga tujuh tahun lamanya sejak awal mula perencanaan pada tahun 2009 oleh Prof. Dr. H. Imam Suprayogo selaku Rektor UIN Maliki Malang saat itu.

Semenjak berubahnya status kelembagaan menjadi universitas pada tahun 2004 UIN Maulana Malik Ibrahim Malang memiliki tugas utama untuk menyelengarakan program pendidikan tinggi bidang ilmu Agama Islam dan juga ilmu umum. Pada penyusunan Rencana dan Strategi UIN Malang periode 2005-2010, pendirian Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan termasuk ke dalam salah satu rencana jangka panjang. Realisasi dari Renstra UIN Malang tersebut diawali pada tahun 2010 dengan pengajuan usulan formasi CPNS dosen di bidang Kedokteran dan Ilmu Kesehatan. Rekruitmen dan pengangkatan CPNS dan dosen tetap non PNS terus dilakukan sampai tahun 2015.

Tahun 2010, Prof. Dr. H Mudjia Raharjo, M.Si. yang waktu itu masih menjadi Wakil Rektor Bidang Akademik membentuk Tim Persiapan Pendirian Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan dengan Prof. Dr. dr . Ma’rifin Husin, Sp.FK dari Universitas Airlangga sebagai konsultan. Konsultasi tersebut berlangsung selama 2 tahun dengan hasil berupa proposal pendirian Program Studi Farmasi, Program Studi Pendidikan Dokter, Prodi Pendidikan Dokter Gigi, Keperawatan serta Program Studi Kesehatan Masyarakat. Proposal tersebut kemudian diajukan ke Dirjen Pendidikan Tinggi Islam Kementerian Agama untuk mendapatkan rekomendasi. 

Namun menurut Departemen Pendidikan Nasional pada saat itu, pembukaan Program Studi Pendidikan Dokter, Pendidikan Dokter Gigi, Keperawatan dan Kesehatan Masyarakat sedang dihentikan (moratorium) maka hanya Prodi Farmasi pada saat itu yang memperoleh persetujuan.  Berdasarkan SK Dirjen Pendidikan Islam tertanggal 17 Desember 2012, maka pada tahun 2013 Jurusan Farmasi UIN Malang resmi menerima mahasiswa angkatan pertamanya, sekaligus menjadi cikal bakal berdirinya FKIK UIN Maulana Malik Ibrahim Malang.

Bersamaan dengan proses berdirinya Jurusan Farmasi pada saat itu, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang menandatangani nota kesepahaman dengan Universitas Sebelas Maret Surakarta (UNS) dalam rangka pendirian Program Studi Pendidikan Dokter UIN Maulana Malik Ibrahim Malang melalui pembimbingan oleh Fakultas Kedokteran UNS. Pembimbingan yang diberikan oleh FK UNS kepada Program Studi Pendidikan Dokter UIN Malang berupa proses penyusunan kurikulum dan evaluasi/pelatihan kegiatan pembelajaran serta penyusunan proposal Pendirian Program Studi Pendidikan Dokter UIN Maulana Malik Ibrahim Malang.

Pada akhirnya, proposal pendirian Prodi Pendidikan Dokter kembali diajukan oleh UIN Maulana Malik Ibrahim Malang kepada Kementerian Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia pada Maret 2015, sesaat setelah moratorium pembukaan Prodi Pendidikan Dokter dicabut. Proposal Pendirian Prodi Pendidian Dokter UIN Maliki Malang ternyata masih memilliki beberapa kekurangan diantaranya adalah belum adanya Rumah Sakit Pendidikan Utama. Menindaklanjuti hal tersebut, dengan segera UIN Maulana Malik Ibrahim Malang menggandeng Rumah Sakit Tingkat II Dr. Soepraoen Malang sebagai Rumah Sakit Pendidikan Utama.

Pada bulan Oktober 2015 Pangdam V  Brawijaya Mayjen TNI Sumardi beserta staf Kodam V Brawijaya menerima UIN Maulana Malik Ibrahim Malang di Rumah Sakit Tk. II Soepraoen Malang untuk melakukan audiensi terkait permohonan UIN Maulana Malik Ibrahim Malang untuk menggunakan RS Tk.II dr, Soepraoen sebagai RS pendidikan utama. Permohonan tersebut disetujui dan dilanjutkan dengan penandatanganan MoU antara UIN Maulana Malik Ibrahim Malang dan RS Tk. II dr. Soepraoen Malang.

Akhirnya pada Desember  2015, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang kembali mengajukan revisi proposal sesuai dengan ketentuan Kemenristek Dikti dan stakeholder (KKI,  IDI, AIPKI, ARSPI dan LAMPTKes). Setelah melalui proses verifikasi oleh Kemenristek Dikti maka Prodi Pendidikan Dokter UIN Maulana Malik Ibrahim layak untuk divisitasi. Pada bulan Januari 2016 proses visitasi Pendirian Prodi Pendidikan Dokter UINMalang dilaksanakan di gedung FKIK-UIN Maulana Malik Ibrahim Malang. Visitasi dilakukan oleh Kemenristek Dikti dan juga asesor dari KKI, IDI, ARSPI, AIPKI, LAMPTKES dan dihadiri pula oleh sivitas akademika UIN Maliki Malang dan RS Tingkat II dr. Soepraoen Malang.

Syukur alhamdulillah pada tanggal 29 maret 2016 SK Pendirian Prodi Pendidikan Dokter dan Prodi Profesi Dokter UIN Maliki Malang telah diserahkan oleh Kemenristek Dikti kepada Rektor UIN Maulana Malik Ibrahim Malang Prof. Dr. Mudjia Rahardjo, M.Si. Dengan turunnya izin Prodi Pendidikan Dokter dan Prodi Profesi Dokter, maka kini UIN Maulana Malik Ibrahim Malang telah memiliki tiga program studi bidang kesehatan. Hal ini mendorong pimpinan universitas untuk menggabungkan ketiga program studi tersebut dalam satu naungan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan (FKIK).

Setelah proses pembicaraan di tingkat senat universitas yang kemudian dilanjutkan kepada Kementerian Pemberdayaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi (Kemenpan-RB), maka pada Januari 2017 Rektor UIN Maulana Malik Ibrahim Malang menegeluarkan SK Pendirian Fakultas Kedokteran dan Ilmu-Ilmu Kesehatan serta mengangkat Prof. Dr. dr. Bambang Pardjianto, Sp.B, Sp.BP -RE (K) sebagai Dekan pertama FKIK UIN Maulana Malik Ibrahim Malang. Rektor juga mengangkat Dr. dr. Achdiat Agoes, Sp.S sebagai Wakil Dekan I, Achmad Nashichuddin, M.A. sebagai WD II dan Dr. Imam Sujarwo sebagai Wakil Dekan III.

Hingga kini FKIK UIN  Maulana Malik Ibrahim Malang secara konsisten telah tumbuh dan berkembang menjadi salah satu fakultas kesehatan yang unggul dan bereputasi. Dengan cita-cita mulia menghasilkan profil lulusan para tenaga kesehatan yang berkarakter Ulul Albab, sehingga dapat membangun kembali peradaban Islam bidang kesehatan. Amin Ya Robbal Alamin.