Bidang ilmu Program Studi Pendidikan Dokter dan konstelasinya terhadap bidang ilmu lain pada Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan UIN Maulana Malik Ibrahim digambarkan dalam Pohon Ilmu Kedokteran dan Kesehatan sebagai berikut :

  1. Akar, menggambarkan landasan keilmuan Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan, meliputi (1) Pancasila dan Kewarganegaraan, (2) Filosofi Ilmu Kedokteran dan Kesehatan, (3) Bahasa Indonesia, (4) Bahasa Inggris, (5) Bahasa Arab dan (6) Ilmu Sosial dan Budaya Dasar.
  2. Batang, menggambarkan pilar keilmuan Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan, meliputi (1) Studi Al-Qur’an dan Al-Hadist, (2) Studi Fiqh (3) Sejarah Peradaban Islam.
  3. Cabang, menggambarkan macam-macam bidang ilmu dan integrasi bidang ilmu tersebut dalam bangunan Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan, meliputi (1) Ilmu Kedokteran dan (2) Ilmu Kesehatan.
  4. Ranting, menggambarkan bidang kajian ilmu, pada ilmu kedokteran meliputi (1) Prinsip Metode Ilmiah (2) Ilmu Biomedik, (3) Ilmu Kedokteran Klinik, (4) Ilmu Bioetika dan Humaniora, (4) Ilmu Kedokteran Komunitas/Kesehatan Masyarakat.

Bidang ilmu yang terdapat di bagian akar dimaksudkan sebagai dasar untuk mengkaji bidang ilmu di bagian selanjutnya. Pancasila dan Kewarganegaraan bertujuan mendidik mahasiswa memahami, menghayati dan mengamalkan pancasila dengan benar, memberikan pengetahuan tentang wawasan nusantara, ketahanan nasional, kebijaksanaan dan strategi nasional untuk menumbuhkan cinta tanah air dan bangsa. Filosofi ilmu Kedokteran dan Kesehatan akan menumbuhkan motivasi pelayanan kedokteran yang selalu disertai dimensi kemanusiaan dan ketuhanan sehingga juga akan mendukung pencapaian aspek kognitif, afektif dan psikomotorik. Pembelajaran bahasa, yakni bahasa Indonesia, bahasa Inggris dan bahasa Arab. Bahasa Indonesia bertujuan agar mahasiswa mampu berbahasa Indonesia dengan baik dan benar, khususnya dalam konteks karya ilmiah. Bahasa Inggris membekali mahasiswa dalam komunikasi dan memahami referensi kedokteran, bahasa Arab diberikan dalam konteks kedokteran yang bertujuan memberikan kemampuan komunikasi sebagai salah satu upaya meningkatkan daya saing. Ilmu sosial budaya dasar memberikan bekal agar mahasiswa memiliki kepekaan dan empati sosial, demokratis dan berkeadaban. Jadi bidang ilmu pada bagian akar ini mendukung area kompetensi profesionalitas yang luhur (Pancasila dan Kewarganegaraan, Filsafat Ilmu Kedokteran dan Kesehatan, Ilmu Sosial Budaya Dasar), area mawas diri dan pengembangan diri (Filsafat Ilmu Kedokteran dan Kesehatan) serta area komunikasi efektif (Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, Bahasa Arab)

Bidang ilmu yang terdapat di bagian batang yakni Studi Al-Quran dan Al-Hadist, Studi Fiqh, Sejarah Peradaban Islam. Studi Al-Qur’an dan Al-Hadist bertujuan agar mahasiswa mampu memahami Al-Qur’an dan Hadis Nabi Muhammad SAW. sebagai sumber hukum dalam Islam, melalui upaya pemahaman dan penguasaan terhadap konsep tentang ilmu Al-Qur’an dan Hadis dan nilai-nilai kemanusiaan universal yang terkandung di dalamnya. Studi Fiqh memberikan pemahaman tentang fiqh dalam kehidupan sehari-hari dan kontribusi ilmu kedokteran dan kesehatan dalam pembahasan fiqh kontemporer. Sejarah Peradaban Islam memberikan pemahaman tentang sejarah perkembangan ilmu kedokteran dan kesehatan dalam peradaban Islam dan kontribusi Islam pada perkembangan kedokteran dan kesehatan. Jadi bidang ilmu pada bagian batang ini mendukung tercapainya kompetensi pada area profesionalitas yang luhur.

Bidang ilmu yang termasuk dalam cabang pohon keilmuan Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan yakni Ilmu Kedokteran (Kedokteran Umum dan Kedokteran Gigi), Ilmu Kesehatan (Keperawatan, Kebidanan, Farmasi, Kesehatan Masyarakat). Pengelolaan bidang ilmu ini secara terintegrasi dalam satu bangunan fakultas akan memberikan beberapa keuntungan yakni penggunaan bersama fasilitas laboratorium sehingga memungkinkan perkembangan fasilitas yang relevan dan lebih canggih dan akan menumbuhkan kebersamaan dan kerjasama yang baik bagi dokter dan tenaga kesehatan lain.

Pada bagian ranting pohon, menggambarkan bidang kajian yang menjadi pokok dari Program Studi Pendidikan Dokter meliputi prinsip-prinsip metode ilmiah, ilmu biomedik, ilmu kedokteran klinik, ilmu humaniora, ilmu kedokteran komunitas yang disesuaikan dengan Standar Kompetensi Dokter Indonesia. Prinsip-prinsip metode ilmiah meliputi metodologi penelitian, filsafat ilmu, berpikir kritis, biostatistik dan evidence-based medicine. Ilmu biomedik meliputi Anatomi, Biokimia, Histologi, Biologi Sel dan Molekuler, Fisiologi, Mikrobiologi, Imunologi, Parasitologi, Patologi Anatomi, Patologi Klinik, dan Farmakologi. Ilmu biomedik ini dijadikan sebagai dasar dalam mengkaji ilmu kedokteran klinik sehingga mahasiswa mempunyai pengetahuan yang cukup untuk memahami konsep dan praktik kedokteran klinik. Ilmu Humaniora meliputi Psikologi Kedokteran, Sosiologi Kedokteran, Agama, Etika dan Hukum Kedokteran, Bahasa, Pancasila dan Kewarganegaraan. Ilmu Kedokteran Klinik meliputi Ilmu Penyakit Dalam beserta cabangnya, Ilmu Bedah, Ilmu Penyakit Anak, Ilmu Kebidanan dan Kandungan, Ilmu Penyakit Syaraf, Ilmu Kesehatan Jiwa, Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin, Ilmu Kesehatan Mata, Ilmu Penyakit Telinga Hidung dan Tenggorokan, Radiologi, Anestesiologi, Ilmu Kedokteran Forensik dan Medikolegal. Ilmu Kedokteran Komunitas meliputi Ilmu Kesehatan Masyarakat, Kedokteran Pencegahan, Epidemiologi, Ilmu Kesehatan Kerja, Ilmu Kedokteran Keluarga, serta Pendidikan Kesehatan Masyarakat. Keseluruhan bidang ilmu tersebut diajarkan secara terintegrasi dalam Kurikulum Berbasis Kompetensi.